Perkembangan ilmu dan teknologi di bidang kesehatan dan kefarmasian berjalan sangat pesat. Beberapa metode diagnosis penyebab penyakit dan proses patogenesisnya telah diketahui secara molekuler dan genetik. Kecanggihan diagnosis dapat membuktikan secara akurat diferensiasi dan tingkat keparahan penyakit, yang membawa konsekuensi perbedaan pemilihan obat untuk penyakit yang semula diduga sama karena secara fenotip tanda penyakit serupa atau sama. Kemajuan ini membawa pada pesatnya perkembangan produk obat dengan target terapi spesifik, namun juga kompleknya problema obat termasuk pemilihan obat dengan tuntutan jaminan keamanan dan efikasi yang tinggi serta pertimbangan farmakoekonomi biaya obat.
Hasil terapi tidak lagi hanya diukur dari efek farmakologik dan tanda klinik laboratorik, tetapi aspek holistik individu pasien yaitu kualitas hidup (quality of life), morbiditas dan mortalitas. Selain itu, meningkatnya kesadaran pasien akan hukum dan hak untuk mendapatkan terapi yang aman dan efektif bagi dirinya, memberikan akibat tuntutan akan perlunya profesionalisme berkualitas tinggi. Profesionalisme selalu melakukan pembaharuan keilmuan dan pengalaman bagi tim layanan kesehatan termasuk farmasis. Bidang medis klinis sudah lama mengembangkan profesionalismenya dari pendidikan dokter umum ke dokter spesialis kemudian ke sub-sub spesialisasi keahlian
Adanya kebutuhan akreditasi rumah sakit yang menuntut pelayanan farmasi klinik di rumah sakit maka kebutuhan lulusan Magister Farmasi Klinik saat ini dan mendatang sangatlah diperlukan.
Dengan dasar pemikiran itulah Fakultas Farmasi Unair relevansi membuka Program Studi Pascasarjana S2 Profesional Farmasi Magister Farmasi Klinik dengan Gelar Magister Farmasi Klinik (M.Farm.Klin).